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使用基于CRISPR譜系追蹤方法

肺癌細胞“家譜”可揭示癌癥發展進程

張夢然

2022年05月06日07:48 來源:科技日報

據5日發表在《細胞》雜志上的一項研究,一個國際研究團隊使用基于CRISPR的譜系追蹤方法,從第一次致癌突變激活開始追蹤肺癌細胞,最終記錄了迄今為止最全面的肺癌細胞進化過程,這份詳細的腫瘤病史揭示了對肺癌如何進展和轉移的新見解。

癌細胞可進化出抗藥性、更具侵襲性和轉移性,并擴散到身體的其他部位形成新的腫瘤。癌癥進化的這些特征越多,它就越致命。研究人員想了解癌癥是如何演變的,從而進行預防和治療。但當癌癥被發現時,它通常已在患者身上存在數年甚至數十年,而關鍵的進化時刻從沒有被觀察過。

美國懷特黑德研究所喬納森·韋斯曼和合作者開發了一種可追蹤幾代癌細胞的新方法,使研究人員能夠分析它們的進化歷史。這種譜系追蹤方法使用CRISPR技術為每個細胞嵌入可遺傳和可進化的DNA條形碼。每次細胞分裂時,它的條形碼都會被輕微修改。當研究人員最終收獲原始細胞的后代時,他們就可比較細胞的條形碼來重建每個細胞的“家譜”,就像相關物種的進化樹一樣。研究人員使用了類似的方法來跟蹤新冠病毒的演變。

韋斯曼表示:“這是一種以更高的分辨率觀察癌癥進化的新方法。以前,導致腫瘤危及生命的關鍵事件一直是不透明的,因為它們湮滅在腫瘤遙遠的過去中,但這為我們提供了了解這段歷史的窗口!

為了從一開始就追蹤癌癥,研究人員開發了一種方法,可同時觸發細胞中的致癌突變并記錄細胞的發展過程。他們對小鼠進行改造,當它們的肺細胞暴露于一種特制的病毒時,會激活Kras基因中的致癌突變,并使細胞中的腫瘤抑制基因Trp53失活,同時激活譜系追蹤。小鼠模型經過工程改造后,使得肺癌在其中的發展與在人類中的發展方式非常相似。

研究人員在收獲癌細胞之前讓癌細胞進化了幾個月。然后他們使用之前開發的算法,從修改后的DNA條形碼中重建細胞的家譜,還使用RNA測序測量了細胞中的基因表達,以表征每個細胞的狀態。有了這些信息,他們就可以“拼湊”這種類型的肺癌如何變得具有侵襲性和轉移性。

研究人員表示,揭示腫瘤細胞之間的關系,是理解它們的基因表達譜和深入了解侵襲性狀態出現的關鍵。

【總編輯圈點】

在此次小鼠模型中,癌細胞是從正常細胞發展而來,腫瘤進展在原生環境中長時間發生,這就意味著,其與人類患者身上發生的情況非常相似。對于科學家來說,這種模擬和因此衍生的見解對癌癥治療非常重要。因為人們最怕的轉移,通常發生在癌癥變得致命的時候,如果可以細致入微地研究癌癥演變,人們就能知道哪些類型的癌癥會以何種方式發展出轉移的能力,從而設計出干預措施來加以阻止。

(責編:孫紅麗、楊迪)


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